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平台服务-转录组-Affymetrix表达谱芯片

表达谱芯片应用

基因表达谱芯片可使科研工作者实现在mRNA水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中(如疾病、发育、分化、凋亡等)基因表达变化的全面信息。

 

平台: Affymetrix芯片平台

 

技术特点

  1. 芯片设计:采用光蚀刻原位合成技术合成芯片;
  2. 灵敏度高:25mer长度的短探针设计,灵敏度更高;
  3. 重复性高,稳定性好:针对每个转录本设置多组探针,保证信息完整性及实验稳定性。通用性:Agilent所有芯片相关产品都采用了1″×3″工业标准的芯片。

 

技术流程

 

芯片种类

Affymetrix表达谱芯片目录

 

伯豪特色

  1. 成熟的服务平台:稳定而系统的芯片实验全面解决方案,可为客户提供总RNA抽提、样品质检、RNA标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析。
  2. 多样化的服务内容:提供芯片和测序两种高通量检测技术以及低通量检测技术RT-PCR。
  3. 专业的实验人员:从RNA抽提到芯片杂交均配有专业的实验人员,丰富的芯片操作经验,确保芯片实验顺利完成。
  4. 专业的分析团队:实战经验丰富的分析团队,除能快速完成基础分析外,还能根据客户需求完成个性化分析,提供各类高大上的图表。

 

表达谱芯片分析流程

 

表达谱芯片技术参数

 

案例展示

案例一

癌症干细胞能够通过自我更新和分化,启动并维持癌症的发生和发展。Metadherin (MTDH)广泛参与了肿瘤生长、药物抗性、肿瘤复发和转移,中科院的研究团队通过深入研究,揭示了MTDH对乳腺癌干细胞的的表观遗传学调控。 研究显示,MTDH可以促进TWIST1启动子的组蛋白H3乙酰化,由此间接激活TWIST1。进一步研究表明,这一过程是组蛋白乙酰转移酶CBP介导的,MTDH能与CBP相互作用阻止其降解。研究人员还发现,乳腺癌临床样本中的MTDH表达与TWIST1表达和CSC丰度正相关。研究指出,MTDH通过调控TWIST1推动CSC累积和乳腺肿瘤发生,这一发现有助于深入解读MTDH在癌症中的功能。

 

案例二

视网膜变性疾病,是一类以光感受器和视网膜色素上皮细胞变性和功能丧失导致视功能损害为共同表现,以视网膜细胞的凋亡为重要病理特征的致盲性眼病。研究人员利用视网膜变性小鼠模型移植实验,结合全转录本芯片的检测(相关芯片服务由上海伯豪生物技术有限公司提供),发现 canonical Wnt 通路在胚胎干细胞来源的视网膜前体细胞(ESC-RPCs)中的异常激活及在调控治疗效果和肿瘤形成中的关键作用。

 

参考文献

[1]Liang Y, Hu J, Li J, Liu Y, Yu J, Zhuang X, Mu L, Kong X, Hong D, Yang Q, Hu G. Epigenetic Activation of TWIST1 by MTDH Promotes Cancer Stem-Like Cell Traits in Breast Cancer. Cancer Res. 2015.
[2]Lu Cui1,2,3, Yuan Guan1,2, Zepeng Qu1,3, Jingfa Zhang2, Bing Liao1,3, Bo Ma4, Jiang Qian4, Dangsheng Li5, Weiye Li6, Guo-Tong Xu2 and Ying Jin1,3.WNT signaling determines tumorigenicity and function of ESC-derived retinal progenitors.J Clin Invest. doi:10.1172/JCI65048.

 


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