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转录组-lncRNA测序

lncRNA测序介绍

lncRNA(long non-coding RNA)是一类长度超过200nt的ncRNA,通过多种方式在表观遗传、转录及转录后水平发挥调控作用。转录组测序在研究mRNA的同时,能够发现大量的lncRNA,并对其表达水平和转录本结构进行分析。当进一步开展lncRNA与mRNA的关联分析时,就可以深入研究lncRNA的调控网络。

 

伯豪优势

  1. 样本处理:超过200种样本的RNA抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;
  2. 文库构建:兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等特殊样本的建库能力;
  3. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证;
  4. 数据分析:学术界权威的算法和流程;针对lncRNA功能的生物信息学预测和数据库注释;灵活的定制分析;
  5. 项目成果:协助客户发在Cancer Cell、Nat Cell Biol、Nat Commun、Nucleic Acids Res等期刊发表多篇高水平论文,影响因子23.214。

 

技术参数

  1. 样本类型:total RNA、组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等;
  2. 建库起始量:total RNA >=2 μg(低至100ng);浓度>=50 ng/ul;
  3. 测序模式:Illumina HiSeq PE150;
  4. 推荐数据量:>=10 Gb/样本。

 

服务流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——rRNA去除——文库构建——测序——数据分析

 

数据分析

流程图

 数据分析内容列表

 

案例展示

案例一

肝癌细胞(HCC)经常侵入门静脉系统并且发展成为门静脉肿瘤血栓(PVTT)。长脸非编码RNA是一类不能够编码蛋白质,并且长度大于200bp的具有生物学功能的RNA。有研究报道,其对肝癌发生具有重要影响。但是其具体的关联却并还没有详细的研究。上海伯豪协助清华大学、上海东方肝胆医院研究人员,通过对20个病人的60个临床样本进行RNA-Seq鉴定到了8603个可能的lncRNA。其中917个lncRNA在TCGA数据库以及发表的肝癌数据库中有关联,235个lncRNA存在CNVs和DNA甲基化变化。很多与lncRNA共表达的基因富集在细胞粘着、免疫反应以及代谢过程等通路上。HAND2-AS1还通过RNAi的敲降进行了部分功能研究。因此,可以说研究人员对lncRNA在肝癌的肿瘤发生与转移过程中提供了有用的资源。
原文出处:Yang Y, Chen L, Gu J, et al. Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma. Nat Commun. 2017, 8:14421.

 

案例二

上海伯豪协助第二军医大学揭示lncRNA-PXN-AS1在肝癌中的作用。在本篇论文中,研究人员却发现,来源于同一个基因的两条lncRNA(PXN-AS1-L以及PXN-AS1-S)虽然只有一个外显子的区别,但是却能够对其靶基因PXN具有相反的调控作用。并且,PXN同时还是PXN-AS1-L以及PXN-AS1-S反义链上转录的重要肿瘤相关基因。对PXN-AS1-L和PXN-AS1-S在SMMC-7721细胞系中的过表达发现,PXN-AS1-L过表达可以导致PXN表达量上升。然而,令人意想不到的是,PXN-AS1-S过表达却导致了PXN表达量下降。通过对这两个lncRNA的深入分析,研究人员发现PXN-AS1-L是通过结合PXN mRNA的3‘ UTR,保护了PXN mRNA不受miR-24-AGO2复合物降解,从而提高了PXN的表达丰度。与PXN-AS1-L不一样的是,PXN-AS1-S则通过结合PXN mRNA的CDS区域,抑制了PXN mRNA的翻译延升,从而抑制PXN蛋白在体内的含量。MBNL3则是通过诱导lncRNA-PXN-AS1的4号外显子表达,间接的增加PXN的表达丰度。
原文出处:Yuan JH, Liu XN, Wang TT, et al. The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1. Nat Cell Biol. 2017, 19(7):820-832.

 

案例三

上海伯豪携手上海大学对玉米籽粒发育重要转录因子Opaque2进行下游靶标的深入研究。玉米籽粒Opaque2是一个在玉米籽粒发育与营养代谢中起到关键作用的bZIP类转录因子,然而除了少数靶标之外,Opaque2具体的调控机制还不清楚。该研究中,研究人员通过上海伯豪真核生物全转录组/lncRNA测序服务以及ChIP-seq实验对Opaque2基因的调控模式与下游基因进行了全转录组和基因组范围的研究。研究发现,部分lncRNA在opaque2突变体中表达量发生变化,Opaque2基因对这些差异的lncRNA存在着间接的调控关系。
原文出处:Li C, Qiao Z, Qi W, et al. Genome-wide characterization of cis-acting DNA targets reveals the transcriptional regulatory framework of opaque2 in maize. Plant Cell. 2015, 27(3):532-45.


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