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转录组-RNA de novo测序

RNA de novo测序介绍

在所研究的物种不具备参考基因组时,通过de novo分析策略,转录组测序可以帮助研究人员快速获取该物种的mRNA序列,并预测可能的非编码RNA。此外,在分析基因表达水平的同时,还可以获得cSNP,从而提供全面的转录组信息。

 

伯豪特色

  1. 样本处理:超过200种样本的RNA抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;
  2. 文库构建:低至200ng起始的建库能力,另有单细胞(微量)测序解决方案;
  3. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证;
  4. 数据分析:开源算法与商业化软件保证拼接效果;全面的数据库注释;灵活的定制分析。

 

技术参数

  1. 样本类型:total RNA、组织、细胞等;
  2. 建库起始量:total RNA >=2 μg(低至100ng);浓度>=50 ng/ul;
  3. 测序模式:Illumina HiSeq PE150;
  4. 推荐数据量:>=6 Gb/样本。

 

服务流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——polyA富集——文库构建——测序——数据分析

 

数据分析

流程图

 数据分析内容列表

 

案例展示

案例一

伯豪生物携手广东农业科学院对兜兰(Paphiopedilum)单独开花行为与简单重复序列标记的开发利用进行了深入的研究。兜兰是一种可以单独开花的长青类多年生植物,但是人们对其有关开花行为的基因组信息却知之甚少。通过de novo转录组测序服务对同色兜兰(Paphiopedilum concolor)、带叶兜兰(Paphiopedilum hirsutissimum)以及两个栽培品种进行了测序。通过测序,研究人员发现了一些与单独开花行为有关的转录因子。同时还找到了20969个可用于分子标记的EST-SSR以及15137个引物SSR。该工作为人们对兜兰开花与花的发育的分子机制有了一定的了解。
原文出处:Li DM, Wu W, Zhang D, et al. Floral Transcriptome Analyses of Four Paphiopedilum Orchids with Distinct Flowering Behaviors and Development of Simple Sequence Repeat Markers. Plant Mol Bio Rep. 2015, 33(6):1928-52.

 

案例二

伯豪生物携手安徽农业大学植保学院,使用Illumina测序平台对黄粉甲(Tenebrio molitor,一种鞘翅目昆虫)进行转录组测序,de novo拼接获得了35,363条unigenes,其中18,820条unigenes与NR蛋白质数据库中已注释的蛋白能够较好地匹配,GO和COG被用于分析基因的潜在功能。为在黄粉甲触角转录组中鉴定出了19个OBP基因,12个CSP基因,20个OR基因,6个IR基因,2个SNMP基因。本研究是首次对黄粉甲触角进行转录组学研究,为深入研究鞘翅目嗅觉基因的功能奠定了坚实的基础。
原文出处:Liu S, Rao XJ, Li MY, et al. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2015, 13:44-51.

 

案例三

伯豪生物携手北京林业大学对卷丹(Lilium lancifolium)在寒冷刺激下的转录组进行了深入分析。卷丹是一种广泛分布于我国西南和东北地区的野生耐寒植物。利用RNA de novo测序,研究人员比较了冷胁迫处理和对照组的转录组差异,通过差异基因的COG和KEGG注释,以及k-mean聚类分析,找到了相关信号通路以及通路中重要的信号转导基因和转录因子。
原文出处:Wang J, Yang Y, Liu X, et al. Transcriptome profiling of the cold response and signaling pathways in Lilium lancifolium. BMC Genomics. 2014, 15:203.

 

案例四

伯豪生物携手湖南农业大学油料作物研,采用Illumina测序平台检测近交系黄籽种皮(SY)以及近等位基因系棕籽种皮(NILA)的转录组基因,对检测结果进行De Novo拼接获得69,605个unigene,大约71.5%(49,758个unigene)能比对到Nr蛋白数据库。RPKM分析结果显示,棕籽种皮较黄籽种皮,有802个基因上调,502个基因下调。生物学通路分析显示,46个基因与类黄酮合成相关。在黄籽中,与后期类黄酮生物合成相关的编码基因二氢黄酮还原酶(DFR)、白花色素双加氧酶(LDOX)、花色素还原酶(ANR)不表达或者表达水平非常低,这也暗示了这些与PA合成相关的基因可能与荠菜型油菜种皮的着色相关,qRT-PCR检测进一步确认了该结果。该研究首次实现荠菜型油菜种皮转录组测序,研究中所获得的基因不仅有利于阐明荠菜型油菜种皮着色的分子机制,且为该物种今后的基因组学研究提供了基础。
原文出处:Liu X, Lu Y, Yuan Y, et al. De novo transcriptome of Brassica juncea seed coat and identification of genes for the biosynthesis of flavonoids. PLoS One. 2013, 8(8):e71110.


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