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转录组-基于Fluidigm BioMark系统的基因表达分析

基于Fluidigm BioMark系统的基因表达分析介绍

Fluidigm高通量基因分析系统(BioMark?),是集成了流体通路(Integrated Fluidic Circuit,IFC)技术、实时定量PCR技术及强大的基因分析软件的技术平台。IFC 将微流控通道、阀门和反应仓集成在一张芯片上,通过一个控制系统自动完成多达9216个PCR反应。集成流体通路技术极大地简化了生物样品和试剂的分液操作,提高分析通量和灵敏度,其纳升级的反应体系为高通量的基因分析应用节省大量成本、试剂用量和样品需求量。

 

技术原理

Fluidigm 基因表达分析的原理跟常规荧光定量PCR一致,可以分为Taqman和EvaGreen染料两种方法,它的特点是反应通量较高、纳升级反应体系的成本较低等。

 

芯片规格类型

Biomark? HD系统配套的检测芯片有如下几种格式,满足不同基因和样本数的研究需求,分别为12*12(12样本*12基因),48*48(48样本*48基因),96*96(96样本*96基因),192*24(192样本*24基因)。

 

服务流程

方案设计——合同签订与送样——样本抽提质检——探针引物预实验——将样本和探针引物试剂加到芯片上——将芯片置于Juno系统中,自动进行分液、混合——在Biomark HD上进行实时荧光定量PCR——软件分析数据

 

样本要求

  1. 总量:2.5pg-250ng;
  2. RIN>=8.0,28s/18s>=0.7;
  3. OD260/280=1.7-2.1,OD260/230=2.0-2.2;
  4. 无真核或原核生物污染,无DNA或蛋白污染。

 

仪器平台

  • Fluidigm® BioMark? HD + Juno高通量基因分析系统

 

参考文献

[1] Li et al. A sequential EMT-MET mechanism drives the differentiation of human embryonic stem cells towards hepatocytes. Nat Commun. 2017 May 3; 8:15166.
[2] Li et al. Generation and Application of Mouse-Rat Allodiploid Embryonic Stem Cells.
Cell. 2016 Jan 14;164(1-2):279-92.
[3] Peng et al. Spatial Transcriptome for the Molecular Annotation of Lineage Fates and Cell Identity in Mid-gastrula Mouse Embryo. Developmental Cell. 2016 Mar 21;36(6):681-97.
[4] Zhang et al. Endocardium Minimally Contributes to Coronary Endothelium in the Embryonic Ventricular Free Walls. Circ Res. 2016 Jun 10;118(12):1880-93.
[5] Hu et al. Direct Conversion of Normal and Alzheimer’s Disease Human Fibroblasts into Neuronal Cells by Small Molecules. Cell Stem Cell. 2015 Aug 6;17(2):204-12.


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