表观组-安捷伦甲基化捕获测序
安捷伦甲基化捕获测序介绍
SureSelectXT甲基化靶向序列捕获平台(Methyl-Seq)是安捷伦公司推出的全面的甲基化发现系统。该平台为甲基化基因组区域研究提供了具有单碱基分辨率的高度可靠且高效的方法。现有目录化产品包括人、小鼠和大鼠甲基化测序设计。该产品相比常见的甲基化检测平台具有独到的优势。
- 通过检测单独的 CpG 可独具特色地提供比甲基化芯片更多的信息
- 相比全基因组重亚硫酸盐测序，可提高通量并降低成本
- 可发现限制性内切酶及免疫沉淀所不能检测的甲基化区域
安捷伦甲基化捕获测序技术参数
- 人：84 Mb 设计长度（覆盖 370 万 CpG位点）
- 小鼠：109Mb设计长度
- 大鼠：97Mb设计长度
优势
- 84 Mb 设计覆盖 370 万 CpG位点
- 不依赖于甲基化状态的探针
- 高灵敏度，分辨率可达到单个碱基
- 提高通量并降低成本
- 与现有甲基化方法相比，可降低偏差 (bias)
测序覆盖类型
- CpG岛
- GENCODE 启动子
- 癌症、组织特异性 DMR，或以下类型的调控序列
CpG Islands, shores/shelves(± 4 kb)
增强子
Ensemble 调控区域
DNase I 高敏感位点
安捷伦甲基化捕获测序实验流程
安捷伦甲基化捕获测序分析流程
安捷伦甲基化捕获测序结果展示
