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表观组-DNA羟甲基化测序

DNA 羟甲基化测序技术简介

5hmC,作为5-甲基胞嘧啶(5mC)的氧化产物,是DNA甲基化修饰动态调控过程重要的中间产物。5hmC主要富集在基因的转录起始位点,转录终止位点和基因远端区域的上游和下游。已有研究报道5hmC与癌症、神经退行性疾病等有关。2017年,《Cell Research》上连续发表了两篇使用芝加哥大学何川教授设计并优化的5hmC富集测序技术,验证5hmC在肿瘤临床应用的文章。

伯豪特色

  1.   特异性检测羟甲基化: 5-hmC抗体能够区分甲基化和羟甲基化信号,特异性的检测羟甲基化区域。
  2.   灵活度高:能够直接对任意物种的高羟甲基化片段进行测序,无需已知的基因组序列信息。
  3.   检测范围广:覆盖整个基因组范围的羟甲基化区域。
  4.   精确度高:能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。
  5.   数字化信号:直接对羟甲基化片段进行测序和定量,不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
实验流程



技术路线

测序策略
  • 数据量:15M reads/样本
  • 测序方法:PE 38
样本要求
  • 样品类型:gDNA,组织,细胞
  • 样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净;
  • 样品浓度:使用Qubit准确定量DNA浓度
  • 样品总量:每个样品DNA起始总量不少于1ug
案例解析

小鼠胚胎干细胞的羟甲基化研究

研究证实TET家族蛋白可以催化5mC转化为5hmC。5mC已经被广泛研究,但对5hmC的分布和功能知道的还很少。利用hMeDIP-seq测序技术对小鼠胚胎干细胞的wild-type和Tet1-depleted type的5hmC进行研究。
5hmC在转录活性高的基因的gene bodies区域和受到Polycomb抑制的发育调节因子的启动子区域;5hmC可能在基因表达调控中起着激活和抑制的双重功能。




5hmC富集在抑制和活跃转录基因

  • 原文出处:Wu H, et al. Genome-wide analysis of 5-hydroxymethylcytosine distribution reveals its dual function in transcriptional regulation in mouse embryonic stem cells. Genes Dev. 2011 Apr 1;25(7):679-84.


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