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-基于mRNA表达的GSEA分析

Demo结果

 

Demo结果解读

通图显示的是GSEA分析基因集后得到的GO的ES值。图上部的曲线表示动态ES值,最高点表示此GO的ES值。ES越显著,表示对基因集的影响越大。

 

基于mRNA表达的GSEA分析介绍

利用不同类型数据库(功能,通路等)的基因集,将基因集中的基因按照在实验组与对照组样本中的差异表达赋予不同的权重,然后检验设定的基因集的基因表达变化对某一个基因集(功能或通路等)的影响是否具有显著性意义。

 

分析要求

两分组mRNA表达数据(差异基因或者关注基因)。

 

提供结果

  1. 图片文件(基因集富集),包括png格式;
  2. 文本文件:每个基因集的ES,NES,pvalue,FDR(Excel,html格式)。

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